Pemeriksaan awal menunjukkan bahwa kapal selam yang diproduksi di Jerman pada 1978 itu pecah menjadi tiga bagian, dan lambung kapal terpisah dari buritan (bagian belakang).

TNI AL telah merilis rekaman video, yang diambil dari oleh kendaraan yang dioperasikan dari jarak jauh (remote operated vehicle atau ROV) milik kapal MV Swift Rescue bantuan pemerintah Singapura. Rekaman itu menunjukkan salah satu sirip yang ada di buritan.

Ada pula gambar-gambar lain yang sepertinya menunjukkan bagian-bagian dalam kapal, tapi belum dapat dipastikan bagian-bagian mana tepatnya

Dibutuhkan waktu satu tahun untuk menemukan kapal selam San Juan milik Argentina yang tenggelam pada 2017. Nanggala ditemukan hanya dalam beberapa hari pencarian, ini menunjukkan bahwa kapal ini berada tidak jauh dari posisi saat melakukan kontak terakhir.

Maka apa pun kecelakaan yang terjadi, kemungkinan terjadi saat kapal ini sedang menyelam.

Pada tahap ini, mustahil bagi kita untuk mengetahui apa yang memicu kecelakaan. Penyebab-penyebab dapat meliputi kegagalan material atau mekanik yang menyebabkan salah satu atau lebih kompartemen kemasukan air secara fatal.

Mudah bagi kapal selam untuk kehilangan kendali kedalaman akibat kehilangan daya apung.

Ada juga kemungkinan terjadinya kebakaran - sesuatu yang sangat ditakuti oleh awak kapal selam dalam ruang kapal yang sangat tertutup.

Atau kemungkinan kesalahan manusia (human error). Namun awak kapal selam telah berlatih prosedur operasi standar secara sangat hati-hati dan sangat ekstensif.

Kegagalan material adalah penyebab yang paling mungkin.

Apapun pemicunya, nasib tragis Nanggala tak terhindarkan setelah kapal itu turun ke kedalaman yang melebihi kemampuan lambung dan perlengkapan untuk menahan tekanan. Tidak dapat segera diketahui dengan jelas pada kedalaman berapa hal ini terjadi.

Kapal selam seperti Nanggala memiliki batas aman kedalaman operasi minimal 260 meter. Angka “crush depth” atau kedalaman yang merusak kapal pasti jauh lebih besar.